1979—2001. Основание и первые годы

История футбольного клуба «Нарва-Транс» берёт своё начало 1979 году, когда нынешний президент и бывший главный тренер клуба Николай Бурдаков был сам игроком в составе команды. Первым названием клуба стал «Автомобилист», так как команда была создана на базе автомобильно-транспорного предприятия «Автобаза».

В 1984 году клуб начал играть в первом дивизионе чемпионата Эстонской ССР, но в конце сезона покинут высший дивизион. Позже в 1987 и 1989 годах клуб возвращался в высший дивизион, но сразу же вылетал в низшую лигу. В 1989 году команда была переименована в «Автобаза», название клуба просуществовало до 1992 года, а позже получила нынешнее название футбольный клуб «Нарва Транс». После успехов в сезоне 1991 года клуб смог подняться в высшую лигу чемпионата Эстонии и в 1992 году дебютировал в Лиге Мастеров Эстонии.

Самый большой успех пришел к команде в 2001 году, когда в финале Кубка Эстонии «Транс» обыграл столичную команду «Флора». Победу команде принёс бывший капитан и нынешний тренер детско-юношеских команд Олег Курочкин, который в дополнительное время игры с 50 метров от ворот выполнил штрафной удар и забил гол. Благодаря этой победе команда гарантировала себе первое участие в Кубке УЕФА. В первой игре Кубка УЕФА команде была засчитана техническая победа 3:0 над шведским клубом «Эльфсборг» за то, что шведы выпустили на поле незарегестрированного игрока. В ответной игре, которая прошла на выезде в шведском городе Бурос, команда проиграла с разгромным счетом 5:0.

2001—настоящее время

В 2003 году матч в сербском Белграде с ОФК был прерван уже в первом тайме из-за выброшенной на поле ракеты со слезоточивым газом, в результате чего несколько ключевых игроков «Нарвы-Транс» не смогли вернуться на поле для продолжения игры. После того, как игра была возобновлена, матч закончился со счетом 6:1 в пользу команды хозяев. УЕФА присудила техническую победу 3:0 «Нарве-Транс», однако сербский клуб подал апелляцию, в результате чего результат матча был аннулирован. Решающая игра в Таллине была завершена со счетом 5:3 в пользу ОФК. Позднее выяснилось, что на поле в составе «Нарвы-Тран» появился не внесенный в заявочный лист игрок, и команде было засчитано техническое поражение 0:3. В этом сезоне тренером клуба был Сергей Замогильный.

Лучшим результатом в чемпионате Эстонии является серебро, завоёванное в 2006 году под руководством Валерия Бондаренко, в 1995, 2005, 2008, 2009 и 2010 годов были добыты бронзовые медали.

ФК «Нарва-Транс» является двукратным победителем Суперкубка Эстонии в 2007 и 2008 годах. За клуб выступали два игрока национальной сборной страны: Сергей Заморский (4 игры, 1 гол) и Евгений Новиков (13 игр, 2 гола). Помимо Валерия Карпина, который сделал свои первые шаги в карьере в клубе «Нарва-Транс», самым успешным игроком команды остается нападающий Максим Грузнов, который забил за клуб 37 мячей в сезоне 2001.

В сезоне 2011 года за «Нарву-Транс» выступал Александр Чекулаев, который установил рекорд по забитым голам в течение одного сезона — 46 в 35 матчах. Следующим клубом Чекулаевса стал чемпион Мальты — «Валетта».

В 2013 году на посту главного тренера команды Алексея Ягудина сменил Валерий Бондаренко, который уже ранее возглавлял клуб. 14 июня контракт по обоюдному согласию был расторгнут, исполняющим обязанности был назначен Алексей Ягудин. Чемпионат Эстонии 2014 года команда закончила на 8 месте. Капитаном команды в сезоне 2015 года стал Роман Нестеровски. В конце мая стало известно, что временно новым тренером был назначен Николай Тощев, а его помощником Максим Грузнов. Однако, официально числиться на должности главного тренера продолжит Алексей Ягудин, из-за отсутствия необходимой лицензии у Николая Тощева. С 6 июля 2015 года новым тренером стал Адьям Кузяев, а его помощником Алексей Ягудин. Сезон клуб закончил на шестом месте. В 1/32 Кубка Эстонии 2016/17 команда проиграла столичному клубу «Нымме Калью» со счетом 2:0.

Стадион

Футбольный клуб «Нарва-Транс» проводит домашние игры в Нарве на стадионе «Калев-Фама», реставрация которого была закончена в 2013 году. Трибуны вмещают более 1 000 человек, одно поле выполнено из натурального травяного газона, а второе имеет газон с искусственным покрытием и подогревом. Из-за того, что прошлая арена не отвечала требованиям УЕФА, то все игры европейских кубков до 2014 года команда проводила на таллинском стадионе «А. Ле Кок Арена».

Достижения

С 1992 г. клуб играет в Чемпионате Эстонии в Мейстерлиге.

• Серебряный призёр Чемпионата Эстонии (1): 2006
• Бронзовый призёр Чемпионата Эстонии (6): 1994/95, 2005, 2008, 2009, 2010, 2011
• Обладатель Кубка Эстонии (1): 2000/01
• Финалист Кубка Эстонии (4): 1993/94, 2006/07, 2010/11, 2011/12
• Обладатель Суперкубка Эстонии (2): 2007, 2008
• Финалист Суперкубка Эстонии (3): 2001, 2012

• 1979—1985 — «Автомобилист»
• 1985—1991 — «Нарвская автобаза»
• с 1991 — «Нарва-Транс»